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2022-06-08 18:06:52
細(xì)胞系培養(yǎng)&STR鑒定服務(wù)

一、實(shí)驗(yàn)原理

短串聯(lián)重復(fù)(Short tandem repeats, STR),又稱微衛(wèi)星DNA(Microsatellite DNA)或簡單重復(fù)序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復(fù)序列。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯(cuò)配引起的復(fù)制滑動(dòng)被認(rèn)為是導(dǎo)致STR產(chǎn)生的較為常見原因,并且依據(jù)不同復(fù)制單元大小的不同以及不同物種之間,復(fù)制滑動(dòng)發(fā)生的概率也不相同。

STR是以核心序列(core repeat units)首尾相連多次重復(fù)形成。每個(gè)STR的核心序列結(jié)構(gòu)相同,長度為2-6bp,但其重復(fù)單位數(shù)目和重復(fù)區(qū)域的長度不同,因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性,構(gòu)成了STR遺傳多態(tài)性。不同個(gè)體之間在一個(gè)同源STR位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)也不同,因而同指紋識別一樣,STR位點(diǎn)分析也可對個(gè)體進(jìn)行身份識別。通過識別個(gè)體基因組在特定位點(diǎn)的特定序列重復(fù),即可創(chuàng)建其基因檔案?;诖?,STR分析法已經(jīng)成為一種重要的鑒定分析方法,應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)、親子鑒定及細(xì)胞鑒定等領(lǐng)域。

 

二、應(yīng)用簡介

細(xì)胞系因其具有無限傳代增殖、體外培養(yǎng)、培養(yǎng)條件簡單等原因,如今已被廣泛的應(yīng)用于各類疾病的研究中。

 

三、實(shí)驗(yàn)方法 

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四、樣本送檢要求

1. 細(xì)胞懸液(細(xì)胞數(shù)≥106 個(gè))-提供細(xì)胞,請用PBS懸浮細(xì)胞離心后,去上清液,將細(xì)胞沉淀加冰袋運(yùn)輸。

2. 基因組DNA(≥20μL,濃度≥50ng/μL)-  提供DNA樣本時(shí)請加冰袋運(yùn)輸;同時(shí)請注明DNA含量。

3. 僅對ATCC和DSMZ數(shù)據(jù)庫現(xiàn)有STR圖譜數(shù)據(jù)的細(xì)胞系進(jìn)行品系鑒定。

4. STR鑒定樣本為均人源細(xì)胞,檢測21個(gè)基因位點(diǎn)。 

 

五、案例展示

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六、常見問題

1、如何知道細(xì)胞系是否發(fā)生交叉污染了

如果存在細(xì)胞系之間發(fā)生交叉污染,而且鑒定用的細(xì)胞可能有兩種以上的細(xì)胞系時(shí),那么在進(jìn)行STR位點(diǎn)檢測的時(shí)候,多個(gè)位點(diǎn)會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強(qiáng)度,理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關(guān)系。因此,存在交叉污染的混合細(xì)胞系中,其中一個(gè)位點(diǎn)中某些峰會(huì)明顯高于其他的峰,其中大峰是屬于混合細(xì)胞系中那個(gè)主要細(xì)胞系,而小峰則屬于那個(gè)次要細(xì)胞系。

值得注意的是,當(dāng)發(fā)生兩個(gè)或以上細(xì)胞混合的時(shí)候,檢測結(jié)果看起來非常像細(xì)胞系的“遺傳不穩(wěn)定”——當(dāng)一個(gè)細(xì)胞系存在亞群時(shí),尤其是一些癌細(xì)胞系, 由于遺傳不穩(wěn)定的存在,在一些位點(diǎn)的STR特性會(huì)不同。因此經(jīng)驗(yàn)豐富的分子專家是非常重要的,他能夠幫助分析復(fù)雜的電泳圖譜(STR峰圖),從而判斷是否由于發(fā)生細(xì)胞系交叉污染而導(dǎo)致多等位基因情況。

2、如何根據(jù)STR數(shù)據(jù)判斷細(xì)胞系的身份

收到細(xì)胞系鑒定結(jié)果以及STR信息,可以與參考數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對。如果細(xì)胞樣本的每個(gè)STR位點(diǎn)和參考細(xì)胞STR位點(diǎn)都能重合匹配,即說明該細(xì)胞系正確,反之則說明你的細(xì)胞系可能被錯(cuò)誤標(biāo)記,交叉污染或發(fā)生遺傳不穩(wěn)定。一般說來,匹配度≥80%即可認(rèn)為該細(xì)胞系正確,匹配度<80%則說明該細(xì)胞系的來源需要被懷疑。

如果細(xì)胞系被鑒定出發(fā)生交叉污染或錯(cuò)誤標(biāo)記,則需要拿更早代數(shù)的細(xì)胞進(jìn)行鑒定,從而找到問題的起源或者直接從可靠的機(jī)構(gòu)購買一株新的細(xì)胞系。

3、如果細(xì)胞系沒有在數(shù)據(jù)庫中比對出結(jié)果怎么辦?

如果已知數(shù)據(jù)庫中沒有找到你的細(xì)胞信息,你可以用自己的細(xì)胞遺傳信息建立自己的遺傳特性,以便后期進(jìn)行自己細(xì)胞庫的比對。

4、為什么報(bào)告內(nèi)最終結(jié)論,會(huì)出現(xiàn)匹配不上任何已知數(shù)據(jù)情況?

最大的可能性是因?yàn)檫@株細(xì)胞的標(biāo)準(zhǔn)序列并沒有收錄在國際的細(xì)胞庫之中,導(dǎo)致送檢樣本與任何的序列都不匹。出現(xiàn)這種情況大多數(shù)是因?yàn)樵摷?xì)胞系,可能是由國內(nèi)課題組自主建系的。


七、服務(wù)流程

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