用限制性內(nèi)切酶切割目的樣本的基因組DNA,可以得到大量的DNA片段。將這些DNA片段與相應(yīng)載體連接,轉(zhuǎn)化入受體細(xì)胞,并培養(yǎng)使其大量復(fù)復(fù)制。這樣,一個(gè)克隆內(nèi)每個(gè)細(xì)胞的載體上都包含有特定的基因組DNA片段,整個(gè)克隆群體就包含基因組DNA的全部基因片段,即基因組文庫(kù)。
在基因組測(cè)序中,建庫(kù)測(cè)序是對(duì)提供的合格樣品進(jìn)行建庫(kù)并運(yùn)用illumina測(cè)序平臺(tái)測(cè)序,產(chǎn)生高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù),從而為客戶進(jìn)行生物信息學(xué)分析提供原始數(shù)據(jù)依據(jù)。
專業(yè)專注:10余年醫(yī)學(xué)科研行業(yè)經(jīng)驗(yàn),課題項(xiàng)目皆由3年以上的專業(yè)科研人員負(fù)責(zé)
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硬件保障:實(shí)驗(yàn)場(chǎng)地及相關(guān)設(shè)備對(duì)所有客戶開放,歡迎隨時(shí)參觀
結(jié)果保證:保證所有課題實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的真實(shí)性、客觀性
優(yōu)質(zhì)資源:學(xué)術(shù)資源豐富,涵蓋生物醫(yī)學(xué)大多數(shù)專業(yè),根據(jù)不同需求,提供個(gè)性化輔導(dǎo)協(xié)助
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序列 | 服務(wù)內(nèi)容 |
1 | 構(gòu)建基因組測(cè)序所需要的基因組文庫(kù) |
1、細(xì)胞、新鮮組織或總RNA/DNA樣品
2、細(xì)胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)直接液氮凍存后,-80℃保存
3、樣品運(yùn)輸:細(xì)胞或者組織樣品;或者總RNA樣本/DNA樣本置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運(yùn)輸
備注:不同測(cè)序方法,對(duì)樣本的要求不相同,請(qǐng)根據(jù)測(cè)序手段來確定送樣要求
14天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
全基因組DNA甲基化測(cè)序采用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA使未甲基化修飾的Chemicalbook胞嘧啶C轉(zhuǎn)化為尿嘧啶U,通過對(duì)處理后的DNA進(jìn)行全基因組重測(cè)序,并與參考基因組進(jìn)行比對(duì),從基因組水平實(shí)現(xiàn)單堿基分辨率的、高精確度甲基化水平分析。WGBS可以達(dá)到單堿基分辨率,精確分析每一個(gè)胞嘧啶的甲基化狀態(tài),從而構(gòu)建精細(xì)的全基因組DNA甲基化圖譜。
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序列 | 服務(wù)內(nèi)容 |
1 | 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 |
2 | 與參考基因組比對(duì) |
3 | 甲基化位點(diǎn)calling |
4 | 甲基化分布 |
5 | 差異甲基化分析 |
6 | 相關(guān)基因分析 |
7 | 多樣本分析 |
1、細(xì)胞,組織,總DNA等
2、建議起始量(單次):DNA>10ug,樣品濃度>50ng/ul, OD260/OD280在1.8到2.0之間
45天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
ChIP-seq:是一種將ChIP與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù),能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。ChIP是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具。ChIP-Seq的原理是:首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段,并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫(kù)構(gòu)建;然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。
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序列 | 服務(wù)內(nèi)容 |
1 | 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 |
2 | 與參考基因組比對(duì) |
3 | peak峰calling |
4 | motif分析 |
5 | peak峰相關(guān)基因注釋 |
6 | 差異peak分析 |
7 | 相關(guān)基因功能分析 |
1、細(xì)胞≥2×107個(gè);動(dòng)物組織量≥200mg;植物組織量:葉片≥1.5g,莖≥2 g。
2、IP產(chǎn)物及input:濃度>0.1ng/uL,體積≥15uL,片段長(zhǎng)度200-500bp;通常input濃度≥50ng/uL,體積≥15uL(其它情況請(qǐng)聯(lián)系我們技術(shù)支持溝通)。
3、ChIP文庫(kù)濃度≥10nM,體積≥20μL,片段長(zhǎng)度200-500bp。
45天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
lncRNA測(cè)序:通過lncRNA測(cè)序可以研究已有參考基因組物種的特定組織或細(xì)胞在某個(gè)特定時(shí)期轉(zhuǎn)錄出的所有lncRNA和mRNA,并進(jìn)行相關(guān)生信分析。
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lncRNA分析 | 原始數(shù)據(jù)和結(jié)果報(bào)告圖表 | |
1 | lncRNA拼接組裝 | |
2 | lncRNA位點(diǎn)篩選 | |
3 | lncRNA編碼潛能分析 | |
4 | lncRNA描述性統(tǒng)計(jì) | |
5 | lncRNA靶基因預(yù)測(cè) | |
6 | lncRNA保守性分析 | |
7 | ORF長(zhǎng)度分析及exon個(gè)數(shù)分析 | |
8 | 表達(dá)水平分析及差異表達(dá)分析 |
1、細(xì)胞,組織,全血,總RNA等
2、建議總RNA起始量:10ug,最低5ug,人/大鼠/小鼠樣品可低至1ug,
3、濃度≥200 ng/uL(人/大鼠/小鼠樣品可低至≥50ng/ul)
45天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和非編碼RNA。通過新一代高通量測(cè)序,能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息,目前已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。
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1 | 基因結(jié)構(gòu)水平分析 |
2 | 與參考基因組比對(duì) |
3 | 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè) |
4 | 可變剪切分析 |
5 | SNP分析 |
6 | InDel分析 |
1、細(xì)胞,組織,全血,血清,血漿,總RNA等
2、建議總RNA起始量:2ug,最低1ug,濃度≥50ng /uL
40天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)是一類特殊的非編碼RNA,它大量存在于真核細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)。近幾年的研究表明,circRNA在生物的生長(zhǎng)發(fā)育、對(duì)外界環(huán)境的抵御等方面具有重要的調(diào)控作用。在功能上,circRNA分子富含microRNA(miRNA)結(jié)合位點(diǎn),在細(xì)胞中起到miRNA海綿(miRNA sponge)的作用,從而解除miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表達(dá)水平;這一作用機(jī)制被稱為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(ceRNA)機(jī)制。通過與疾病關(guān)聯(lián)的miRNA相互作用,circRNA在疾病中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。
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序列 | 服務(wù)內(nèi)容 |
1 | 參考序列比對(duì) |
2 | circRNA鑒定 |
3 | circRNA來源基因分析 |
4 | circRNA表達(dá)水平定量 |
5 | 差異表達(dá)分析 |
6 | GO、KEGG富集分析 |
7 | miRNA結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè) |
1、細(xì)胞,組織,全血,總RNA等
2、建議總RNA起始量:10 ug,最低5ug,濃度≥200 ng/uL
70天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
擴(kuò)增子測(cè)序是對(duì)特定長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物或者捕獲片段進(jìn)行測(cè)序,對(duì)環(huán)境樣本進(jìn)行16s、ITS、18s高變區(qū)擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序,通過檢測(cè)目的區(qū)域的序列變異和豐度,可研究環(huán)境中微生物的多樣性及群落組成差異。
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序列 | 服務(wù)內(nèi)容 |
1 | 物種注釋 |
2 | α-多樣性分析 |
3 | β-多樣性分析 |
4 | 多元統(tǒng)計(jì)分析 |
5 | CCA分析 |
6 | 環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析 |
7 | VPA分析 |
8 | 功能預(yù)測(cè) |
9 | 腸型分析 |
10 | 貝葉斯網(wǎng)絡(luò)圖 |
11 | Source Tracker |
【樣本要求】
1、菌體,DNA等
2、建議總DNA起始量:>20ng(較純DNA,無宿主及其他雜質(zhì)污染)
10天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)
宏基因組學(xué)(Metagenomics)通過直接從環(huán)境樣品中提取全部微生物的DNA并測(cè)序,利用組學(xué)的研究策略研究環(huán)境樣品所包含的全部微生物的群落組成及其群落(基因)功能。
宏基因測(cè)序是通過高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)環(huán)境樣品中全部微小生物遺傳物質(zhì),包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因組進(jìn)行測(cè)序分析,以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。
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1 | 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 |
2 | 基因預(yù)測(cè) |
3 | 物種、功能注釋 |
4 | CARD |
5 | CAG/MLG分析 |
6 | CNV(copy number variation) |
7 | 噬菌體 |
1、環(huán)境樣品,總DNA等
2、建議總DNA起始量:5 ug,最低0.5ug,濃度≥30 ng/uL(Qubit定量)
26.5天
根據(jù)樣品類型和數(shù)量面議定價(jià)