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2022-05-28 18:48:18
SNP檢測(cè)

一、 實(shí)驗(yàn)原理

SNP檢測(cè)是檢測(cè)染色體基因組中單個(gè)核苷酸的突變而引起的DNA序列的多態(tài)性的技術(shù)SNP以單個(gè)堿基的顛換、轉(zhuǎn)換、插入和缺失等形式存在。作為第三代分子標(biāo)記,SNP標(biāo)記具有很大的發(fā)展?jié)摿?,被廣泛應(yīng)用于生物、農(nóng)學(xué)、醫(yī)學(xué)、生物進(jìn)化等眾多領(lǐng)域,在分子遺傳學(xué)、藥物遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用。

服務(wù)類型:

1.Taqman探針法(定性)

針對(duì)染色體上的不同SNP位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)PCR引物和TaqMan探針,進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增。

2.SNaPshot法測(cè)SNP

主要是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù),主要針對(duì)中等通量的SNP分型項(xiàng)目。3.MassARRAy法

MassArray質(zhì)譜系統(tǒng)是目前市場(chǎng)上擁有最高性價(jià)比的中高通量SNP分型檢測(cè)系統(tǒng),通過激光激發(fā)DNA分子片段,再用飛行時(shí)間來判斷片段分子量的大小。

4.Illumina BeadXpress法

采用BeadXpress系統(tǒng)進(jìn)行批量SNP位點(diǎn)檢測(cè),可以同時(shí)檢測(cè)1-384個(gè)SNP位點(diǎn),往往用于基因組芯片結(jié)果確認(rèn),適合高通量檢測(cè)。

5.直接測(cè)序法

在所有SNP的檢測(cè)方法中,對(duì)待檢測(cè)片段進(jìn)行直接擴(kuò)增、測(cè)序是最為準(zhǔn)確的方法,也是SNP分析的金標(biāo)準(zhǔn)。

 

二、應(yīng)用簡(jiǎn)介

SNP可導(dǎo)致人類疾病,如癌癥、傳染性疾病、自身免疫性疾病等,SNP是研究人類家族和動(dòng)植物品系遺傳變異的重要依據(jù),因此被廣泛用于群體遺傳學(xué)研究和疾病相關(guān)基因的研究,在藥物基因組學(xué)、診斷學(xué)和生物醫(yī)學(xué)研究中起重要作用。
應(yīng)用領(lǐng)域:

1. 遺傳圖譜繪制的標(biāo)記;

2. 疾病診斷和疾病易感基因的鑒別;

3. 藥物基因組學(xué)研究和新藥篩選;

4. 藥物代謝和藥物遺傳學(xué);

5. 法醫(yī)鑒定和個(gè)體識(shí)別;

6. 群體遺傳學(xué)研究和遺傳多態(tài)性分析;

7. 物種鑒定、菌種鑒定等。

 

三、實(shí)驗(yàn)方法

A. 直接測(cè)序法:

a、樣品基因組DNA提??;

b、根據(jù)不同的區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計(jì)、合成;

c、對(duì)所有樣品進(jìn)行基因擴(kuò)增并純化;

d、測(cè)序;

e、統(tǒng)計(jì)與分析。

B. TaqMan探針法:

a、樣品基因組DNA提取與質(zhì)檢;

b、探針的設(shè)計(jì)、合成;

c、預(yù)實(shí)驗(yàn)優(yōu)化PCR反應(yīng)體系;

d、熒光定量PCR按測(cè);

e、SNP位點(diǎn)數(shù)據(jù)分析。

C. SNaPshot法:

a、樣品基因組DNA提取與質(zhì)檢;

b、引物的設(shè)計(jì)、合成;

c、擴(kuò)增反應(yīng);

d、延伸反應(yīng);

e、測(cè)序儀檢測(cè);

f、數(shù)據(jù)分析

 

四、樣本送檢要求

snp1.png

 

五、案例展示

Taqman探針法(定性)

snp2.png

SNaPshot法測(cè)SNP

snp3.png

六、 常見問題

①??為保證待測(cè)目的區(qū)域測(cè)序真實(shí)可靠,引物設(shè)計(jì)應(yīng)該使待測(cè)目的區(qū)域邊界距離上下游引物至少各50bp;?

②?引物設(shè)計(jì)建議使用在線方式,以保證成功率;?

③?為保證測(cè)序敏感性,PCR產(chǎn)物片段大小應(yīng)在250bp-650bp范圍;?

④?為方便實(shí)驗(yàn),建議引物合成時(shí)分裝成1?管,方便將PCR與測(cè)序的引物分開;

⑤?為保證引物的特異性,建議引物設(shè)計(jì)后在NCBI上blast確認(rèn);?

⑥?為防止降解,PCR產(chǎn)物應(yīng)盡快測(cè)序,否則應(yīng)該保存在-20℃,且時(shí)間不宜過長(zhǎng);

⑦?為保證結(jié)果真實(shí)性,建議對(duì)關(guān)鍵點(diǎn)進(jìn)行反向測(cè)序確認(rèn)。?

 

七、 服務(wù)流程

【服務(wù)流程】.png